Dopo la soppressione, l’Ordine sopravvisse per qualche decennio fuori della Francia, ma al più tardi agli inizi del secolo XV i templari scomparvero completamente.
L’idea che i templari avessero continuato clandestinamente la loro attività fino al Settecento si diffuse anzitutto nella massoneria francese e tedesca; secondo una versione accreditata in tali ambienti, Molay passò le consegne – in prigione – a Pierre D’Aumont, il quale, fuggito in Scozia, fu eletto Gran Maestro dell’Ordine il 24 giugno 1313 (il giorno di San Giovanni Battista, che ha una forte valenza simbolica per i massoni) e pose la sede dell’Ordine a Aberdeen, utilizzando come copertura un’organizzazione di massoni (in questo caso, inteso letteralmente come scalpellini) operativi.
La massoneria era nata in Inghilterra presentandosi come l’erede – sia pure attraverso un processo di reinterpretazione filosofica ed esoterica – delle corporazioni di mestiere muratorie (che comprendevano, accanto agli architetti, anche i semplici muratori).
Da un certo punto di vista, si trattava di un’origine troppo “umile”, che la nobiltà dell’Europa continentale accettava con difficoltà.
È così elaborata la leggenda di cavalieri perseguitati che si erano “nascosti” nelle corporazioni inglesi e scozzesi dei liberi muratori per continuare le loro attività.
Soprattutto in Germania, questi cavalieri misteriosi vennero identificati con i templari.
È questa l’origine dei gradi templari della massoneria che – nati sul continente europeo, ma diffusi anche nel Regno Unito, grazie all’opera di Thomas Dunckerley (1724-1795), fondatore nel 1791 di un Gran Conclave (più tardi Gran Priorato) dei Cavalieri Templari all’interno della massoneria inglese – oggi si ritrovano sia nel rito scozzese sia nel rito di York, e degli attuali Encampments of KnightsTemplars, cui possono appartenere esclusivamente massoni e che sono piuttosto diffusi nella massoneria anglo-americana.Nel momento particolarmente convulso della storia massonica, costituito dagli anni della Rivoluzione francese, non tutti
furono d’accordo sull’assunto (più tardi pacifico nelle obbedienze e nei riti massonici maggioritari) secondo cui il complesso dei gradi templari costituiva solo una parte del sistema massonico e doveva rimanere subordinato alla massoneria nel suo insieme.
In una loggia parigina, quella dei Cavalieri della Croce, si cominciò a sostenere che non era affatto così; se la leggenda templare era vera, se le corporazioni britanniche dei liberi muratori erano “interessanti”, solo in quanto al loro interno dal secolo XIV erano nascosti gli eredi dell’Ordine del Tempio, ne conseguiva che l’Ordine del Tempio era precedente alla massoneria, e che dunque dovevano essere le organizzazioni massoniche a subordinarsi a quelle neo-templari e non viceversa.
L’origine di questa controversia risale a un avventuriero attivo negli anni della Rivoluzione francese, l’ex seminarista Bernard-Raymond Fabré-Palaprat (1773-1838), che nel 1804 dichiarava di avere scoperto – insieme con i suoi colleghi della citata loggia dei Cavalieri della Croce – documenti che provavano una successione ininterrotta di “Gran Maestri” templari clandestini dalla soppressione del 1307 fino al 1792 (l’anno in cui sarebbe morto, massacrato a Versailles dai giacobini, l’ultimo Gran Maestro “nascosto”, il duca Louis-Hercule-Timoléon de Cossé-Brissac, 1734-1792).
I Cavalieri della Croce dichiararono che un documento (la carta di Larmenio), asseritamente ritrovato nel cassetto di un mobile del duca, autorizzava la loggia a procedere all’elezione di un nuovo Gran Maestro, una volta passata la tempesta rivoluzionaria.
La Carta di Larmenio è un documento redatto, apparentemente, nel 1324, dal templare (rimasto a Cipro durante le persecuzioni) Jean-Marc Larmenius, che sarebbe stato
segretamente nominato da Molay suo successore (una tesi che smentiva quella dell’investitura di D’Aumont, sopra descritta e trapelata negli ambienti massonici) nel 1314 e che, proclamato Gran Maestro dell’Ordine dopo la morte di Molay, avrebbe riorganizzato i templari, dotando loro di una pergamena (per l’appunto la Carta di Larmenio, detta anche Carta Trasmissionis), sulla quale sono stati man mano scritti i nomi dei vari Gran Maestri segreti, successori di Molay e Larmenius.